ฮิเดกิ ชิรากาวะเกิดที่กรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่นในครอบครัวของแพทย์ทหาร และได้ย้ายติดตามครอบครัวของบิดาไปอยู่ที่แมนจูกัวและไต้หวันในวัยเด็ก ต่อมาในปี พ.ศ. 2487 ได้ย้ายกลับมาที่ประเทศญี่ปุ่นไปอยู่บ้านเกิดของมารดาที่เมืองทากายามะ จังหวัดกิฟุ

ชิรากาวะจบการศึกษาและได้รับปริญญาวิศวกรรมศาสตรบัณฑิตสาขาวิศวกรรมเคมีจากสถาบันเทคโนโลยีแห่งโตเกียวในปี พ.ศ. 2504 หลังจากนั้นได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตจากสถาบันเดียวกันในปี พ.ศ. 2509 หลังจากนั้นได้เข้าทำงานเป็นผู้ช่วยวิจัยที่ห้องปฏิบัติการทรัพยากรเคมีที่สถาบันเทคโนโลยีแห่งโตเกียว[1]